En Mai 1941 est nommé Directeur de l'école de musique de Brest.

Continue de servir la musique malgré les heures sombres de l'époque, dues aux nombreux et violents bombardements.

Organise des concerts et donne des récitals d'orgue chaque dimanche d'Octobre 1941 à Juillet 1944

Par sa parfaite connaissance de la langue allemande et l'étendue de ses connaissances générales, il rend d'éminents services tant à la sous-Préfecture qu'à la Mairie de Brest de 1941 à 1945.

À la libération en septembre 1944, au lendemain du siège et de la destruction de Brest, il est invité à rejoindre les services administratifs de la sous -Préfecture installée provisoirement à Landerneau et est chargé par le Préfet du Finistère, Monsieur LECOMTE, d'organiser le service des sinistrés pour l'arrondissement de Brest.

Malgré des conditions de vie difficiles, pénibles, particulières à cette époque, Henri GRAEBERT n'en poursuit pas moins son activité musicale. Chaque samedi, il se rend -à bicyclette- de Landerneau à Landivisiau pour y jouer les offices dominicaux à l'église Saint Thivisiau, d'Octobre 1944 à Juin 1945.